2008年4月到2008年11月，中国轻工业清洁生产中心协助北京同仁堂科技发展股份有限公司制药厂完成了清洁生产审核工作，北京同仁堂科技发展股份有限公司制药厂清洁生产审核项目共提出清洁生产方案74项，其中无低费方案71项已全部实施，中高费方案3项。3项中高费方案分别为“中药生产关键工艺改进节能减排项目”、“亦庄生产基地颗粒丸剂车间蒸汽”和“控制系统节电技术改造项目”。

北京同仁堂科技发展股份有限公司制药厂清洁生产审核项目得到了北京市发展改革委的高度评价， “中药生产关键工艺改进节能减排项目”列入了2009年市发展改革委清洁生产中高费项目库，并在2010年9月将中高费补助资金1564万元全部拨付给了北京同仁堂科技发展股份有限公司制药厂。

通过“中药生产关键工艺改进节能减排项目”的实施，可以节电351.09万度/年，节蒸汽3820.8吨/年，节约用煤3605.4吨/年，节约用水9万吨/年，节约中药材112.9吨/年，节约用蜡17.25吨/年；减少TVOC排放20公斤/年，减少粉尘排放46.15吨/年，减少废水排放7.2万吨，减少COD排放3.8吨/年。年可产生经济效益1280.31万元。